NFOŚiGW, na mocy Porozumienia z dnia 15 kwietnia 2003 r., współpracuje z Wojewódzkimi Funduszami Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej na etapie przygotowania przedsięwzięć do Funduszu Spójności.

Wnioski do Funduszu Spójności można pobrać ze stron WWW WFOŚiGW, które zajmują się również ich wstępną oceną.