Sposób funkcjonowania i dysponowania środkami finansowymi, a także strukturę organizacyjną Narodowego Funduszu określa Prawo ochrony środowiska i statut nadany przez Ministra Środowiska.
Pracami Narodowego Funduszu kieruje Zarząd, który reprezentuje Fundusz na zewnątrz, podejmuje decyzje o dofinansowaniu przedsięwzięć ekologicznych, przygotowuje listę programów priorytetowych i nadzoruje wykorzystanie pieniędzy zagranicznych obsługiwanych przez NFOŚiGW. Zarząd koordynuje również współpracę z wojewódzkimi funduszami ochrony środowiska i gospodarki wodnej.
Nadzór nad działalnością Zarządu sprawuje Rada Nadzorcza, której skład (nie więcej niż 12 osób) ustala Ministra Środowiska. Rada Nadzorcza określa strategię i kierunki rozwoju Narodowego Funduszu, ustala kryteria wyboru przedsięwzięć finansowanych ze środków NFOŚiGW, uchwala plan działalności, zatwierdza programy priorytetowe, przyjmuje sprawozdania z działalności, zatwierdza wnioski Zarządu o dofinansowanie zadań przekraczających równowartość 1 mln € w przypadku pożyczek i 0,5 mln € w przypadku dotacji.
Wykaz jednostek organizacyjnych NFÓŚiGW wraz z danymi kontaktowymi można znaleźć na stronie internetowej funduszu.