Co do zasady dofinansowanie (także pośrednie - w związku z uzupełnieniem z dn. 17.03.2011 r. skreślono jako mylące) działalności gospodarczej prowadzonej na rynku otwartym na konkurencję ma wpływ na handel między państwami członkowskimi UE. Istnieją jednak od tego pewne wyjątki. Komisja Europejska na ogół uznaje, że pomoc nie wywiera takiego wpływu w przypadku ściśle lokalnego charakteru działalności przy spełnieniu poniższych warunków:
1) pomoc nie prowadzi do przyciągania inwestycji do danego regionu,
2) towary wytwarzane/usługi świadczone przez beneficjenta mają charakter lokalny lub ich atrakcyjność jest ograniczona do określonego obszaru geograficznego,
3) wpływ na konsumentów z sąsiednich państw członkowskich jest jedynie marginalny, a także że
4) udział rynkowy beneficjenta jest minimalny bez względu na zastosowaną definicję rynku właściwego oraz że beneficjent nie należy do większej grupy przedsiębiorstw (powiązanych ze sobą).
Przykładowo, Komisja Europejska uznawała, że wsparcie lokalnych basenów (decyzja KE w sprawie N 258/2000 Leisure Pool Dorsten) czy niewielkich lokalnych muzeów (decyzja KE w sprawie NN 136a/2002 Ecomusee) nie wpływa na handel między państwami członkowskimi UE.
Ewentualna działalność gospodarcza prowadzona w kwalifikujących się do programu budynkach użyteczności publicznej zazwyczaj ma właśnie charakter lokalny i w konsekwencji nie jest działalnością gospodarczą konkurencyjną (w rozumieniu programu priorytetowego System zielonych inwestycji Część 1) -zarządzanie energią w budynkach użyteczności publicznej). Nie można jednak z góry wykluczyć wystąpienia działalności gospodarczej konkurencyjnej. Przykładem takiej działalności mogą być studia płatne w dużej uczelni o ponadregionalnym zasięgu kształcącej studentów także z zagranicy (patrz: pytanie dot. studiów płatnych).

Uzupełnienie (dodano 17.03.2011 r.)
Zważywszy, że odbiorcą korzyści wynikających z dofinansowania jest właściciel budynku, to ocenie podlega działalność prowadzona przez niego. Przykładowo, jeśli właściciel budynku prowadzi w nim sklepik, to w celu właściwego określenia kosztów kwalifikowanych oceniana jest działalność tego sklepiku (jeżeli zostanie wykazany lokalny charakter oddziaływania sklepiku, można będzie ją uznać za działalność niekonkurencyjną), jeśli natomiast powierzchnia jest przez właściciela wynajmowana na sklepik, wówczas oceniana jest działalność polegająca na wynajmie powierzchni. Wynajem powierzchni zasadniczo nie jest działalnością lokalną. W konsekwencji wydatki przypadające na tę powierzchnię powinny być uznane za niekwalifikowane.
Wyjątkowo może być traktowany wynajem przez wnioskodawcę powierzchni na cele realizacji zadań własnych samorządu lub państwa, w którym to zakresie można uznać, że wnioskodawca nie prowadzi działalności gospodarczej konkurencyjnej.

Działalność edukacyjna prowadzona przez publiczne szkoły wyższe na podstawie ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. z 2005 r. Nr 164, poz. 13 65) co do zasady nie stanowi działalności gospodarczej konkurencyjnej gdyż państwo, tworząc i utrzymując krajowy (publiczny) system kształcenia, nie dąży do osiągnięcia zysków, a jedynie wypełnia funkcje wobec społeczeństwa na polu społecznym, kulturalnym i oświatowym.

Uczelnia publiczna może pobierać opłaty za świadczenie usług edukacyjnych związanych w szczególności z kształceniem studentów na studiach niestacjonarnych (wieczorowych i zaocznych), czy uczestników niestacjonarnych studiów doktoranckich. Wysokość opłat nie może jednak przekraczać kosztów ponoszonych w zakresie niezbędnym do uruchomienia i prowadzenia w danej uczelni studiów, z uwzględnieniem kosztów amortyzacji i remontów. Dlatego zasadniczo działania uczelni w zakresie ustalania wysokości opłat pobieranych od studentów studiów niestacjonarnych nie odzwierciedlają stawek rynkowych, jakie pobierałby analogiczny podmiot prywatny działający na zasadach rynkowych. Przedmiotowe opłaty pobierane przez uczelnie są ograniczone ex lege i nie obejmują całkowitych kosztów prowadzenia działalności edukacyjnej.

Dodatkowo, Prawo o szkolnictwie wyższym ogranicza liczbę studentów studiów niestacjonarnych poprzez przyjęcie parytetu, iż liczba studentów studiów stacjonarnych nie może być mniejsza od liczby studentów studiujących na studiach niestacjonarnych. Podobne ograniczenia nie zostały przewidziane w odniesieniu do podmiotów prywatnych, co dla odróżnienia daje takim podmiotom możliwość swobodnego określania liczby studentów (w miarę ich możliwości kadrowych) oraz określania wysokości opłat za studia stacjonarne i niestacjonarne.

Mając na uwadze powyższe można przyjąć, iż wsparcie ze środków publicznych dla uczelni publicznej w zakresie, w jakim będzie ono wykorzystywane w związku z prowadzeniem działalności w ramach studiów stacjonarnych (nieodpłatnych), jak i studiów niestacjonarnych w trybie zaocznym i wieczorowym (odpłatnych) oraz studiów doktoranckich, nie będzie stanowić działalności gospodarczej konkurencyjnej.

W przypadku szkół wyższych prywatnych, ich działalność może być traktowana jako gospodarcza konkurencyjna. W poszczególnych przypadkach należy przeanalizować czy dofinansowanie tej działalności wpływa na handel między państwami członkowskimi Unii Europejskiej. Bierze się wówczas pod uwagę szczegóły dotyczące konkretnego przypadku, między innymi takie jak: liczba studentów, pochodzenie studentów (obywatele Polski czy także innych państw), język wykładowy, odległość od granic, atrakcyjność oferty (na podstawie decyzji KE w sprawie NN 54/2006 Prerov logistics College). Jeżeli wykazane zostanie, że prowadzona działalność edukacyjna będzie miała charakter wyłącznie lokalny lub regionalny i jej dofinansowanie nie będzie wpływać na handel między państwami członkowskimi Unii Europejskiej - wówczas działalność ta nie będzie traktowana jako gospodarcza konkurencyjna.

Działalność szkół wyższych (zarówno publicznych jak i niepublicznych) w zakresie prowadzenia studiów podyplomowych oraz kursów doszkalających (odpłatnych) jest działalnością gospodarczą konkurencyjną.
 

Zgodnie z programem priorytetowym: „W przypadku, gdy ta sama powierzchnia jest wykorzystywana zarówno w związku z działalnością gospodarczą konkurencyjną, jak i na inną działalność, przy obliczaniu udziału powierzchni wykorzystywanej na działalność uwzględnia się czas, w jakim służy ona jednej i drugiej działalności.”

W przypadku, gdy jakaś sala jest wykorzystywana do prowadzenia konkurencyjnej działalności gospodarczej w 40% czasu (np. 28 godzin w tygodniu, podczas gdy całkowite wykorzystanie tej sali to 70 godzin w tygodniu), a w pozostałym czasie wykorzystywana jest wyłącznie do działalności nie będącej gospodarczą lub działalności gospodarczej ale nie będącej konkurencyjną, to powierzchnia tej sali jest kwalifikowana jedynie w 60% (100% minus 40%).

W przypadku pomieszczeń wykorzystywanych w tym samym czasie zarówno w związku z działalnością gospodarczą konkurencyjną, jak i działalnością nie mającą takich cech, gdy niemożliwe jest ustalenie czasu ich wykorzystania na każdą z nich (w dużych uczelniach np. pomieszczenia zajmowane przez władze uczelni, budynki administracyjne itp.), podziału powierzchni na kwalifikowaną i niekwalifikowaną należy dokonać na podstawie udziału średnich (z 2 ostatnich lat) przychodów podmiotu z działalności gospodarczej konkurencyjnej w średnich (z 2 ostatnich lat) przychodach całkowitych.

Przykład
Przyjmijmy, że przychody z działalności gospodarczej konkurencyjnej w ostatnich dwóch latach 2008 i 2009 wynoszą odpowiednio 1 mln zł i 1,2 mln zł, a przychody całkowite 3 mln zł i 3,3 mln zł. Średnie przychody z działalności gospodarczej konkurencyjnej wynoszą więc 1,1 mln zł, a średnie przychody całkowite 3,15 mln zł. Udział działalności gospodarczej konkurencyjnej wynosi 34,92% (1,1 mln zł / 3,15 mln zł) i o taki sam procent zostać zmniejszone koszty kwalifikowane dotyczące omawianej powierzchni.
 

W przypadku dofinansowania przebudowy (ewentualnie wymiany) źródła ciepła, jeżeli nadwyżka produkowanego ciepła sprzedawana jest podmiotom zewnętrznym (do ogrzewania innych budynków), koszt kwalifikowany musi zostać pomniejszony. Zmniejszenie to powinno odpowiadać udziałowi ciepła sprzedawanego w ogólnej ilości produkowanego ciepła po realizacji inwestycji.

Przykład:
Projekt obejmuje modernizację kotłowni, która zaopatruje w ciepło nie tylko budynki beneficjenta, czyli część ciepła jest sprzedawana. Po modernizacji sprzedawane będzie 20% wyprodukowanego ciepła. O taki procent powinny zostać zmniejszone koszty kwalifikowane modernizacji kotłowni.
 

W przypadku dofinansowania rozbudowy/modernizacji źródła ciepła, jeżeli ciepło jest wykorzystywane w działalności gospodarczej konkurencyjnej prowadzonej przez beneficjenta, także konieczne jest pomniejszenie kosztu kwalifikowanego. Zmniejszenie to powinno odpowiadać udziałowi ciepła wykorzystywanego w działalności gospodarczej konkurencyjnej w ogólnej ilości produkowanego ciepła.

Przykład:
Modernizowana kotłownia zaopatruje uczelnię, w której prowadzona jest także działalność gospodarcza konkurencyjna na powierzchni 10% (przy obliczaniu tej powierzchni należy uwzględniać także czas, w jakim służy ona tej działalności). Koszt kwalifikowany modernizacji kotłowni należy więc pomniejszyć o taki procent.
 

Pod pojęciem „pierwszego roku realizacji projektu” rozumiemy pierwszy rok kalendarzowy, w którym są zaplanowane w harmonogramie niezakończone prace budowlane związane z wnioskowanym przedsięwzięciem.

Przykład:
W przypadku, gdy wnioskodawca jest w trakcie realizacji jakiegoś zadania lub planuje pierwsze zadanie w 2010 r. to pierwszym rokiem realizacji będzie rok 2010.
Natomiast, jeśli wnioskodawca planuje pierwsze zadania dopiero w roku 2011, to wtedy pierwszym rokiem realizacji będzie rok 2011.
 

Koszt przedsięwzięcia należy ustalić na podstawie kosztorysu inwestorskiego. Jest to dokument, który sporządza się po przygotowaniu audytu. Dopuszczalne są niewielkie różnice. Zbyt duża różnica pomiędzy audytem i kosztorysem może spowodować, że wariant wskazany w audycie przestanie być optymalnym. Różnice pomiędzy tymi dwoma dokumentami wymagają pisemnego wyjaśnienia i potwierdzenia wyboru optymalnego wariantu, wskazanego w audycie. Jeśli audyt był opracowany przed 18.03.2009 r. to zalecane jest by dokonać jego korekty nie tylko w zakresie zapotrzebowania na energię cieplną do ogrzewania przed i po modernizacji (co jest obligatoryjne), ale także pod względem kosztu przedsięwzięcia.